凝膠制備液相色譜儀是分析實驗室常用的測試儀器之一，其應用越來越廣泛。此種儀器在使用過程中，難免會出現各種各樣的問題，并將直接影響到所測數據的準確性和儀器的正常工作。操作者如果能了解故障的成因，即可清楚預防和排除這些故障的方法，就可正確地使用儀器并最大限度地發揮儀器的性能。
對凝膠制備液相色譜儀的使用要求：
1.流動相須用HPLC級的試劑，使用前過濾除去其中的顆粒性雜質和其他物質。
2.流動相過濾后要用超聲波脫氣，脫氣后應該恢復到室溫后使用。
3.不能用純乙腈作為流動相，這樣會使單向閥粘住而導致泵不進液。
4.使用緩沖溶液時，做完樣品后應立即用去離子水沖洗管路及柱子一小時，然后用甲醇沖洗40分鐘以上，以充分洗去離子。對于柱塞桿外部，做完樣品后也必須用去離子水沖洗20mL以上。
5.長時間不用儀器，應該將柱子取下用堵頭封好保存，注意不能用純水保存柱子，而應該用有機相(如，甲醇等)，因為，純水易長霉。
6.每次做完樣品后應該用溶解樣品的溶劑清洗進樣器。
7.絕對不能進蛋白樣品，血樣、生物樣品。
8.堵塞導致壓力太大，按預柱→混合器中的過濾器→管路過濾器→單向閥檢查并清洗，清洗方法：
①以異丙醇作溶劑沖洗；
②放在異丙醇中間用超聲波清洗；
③用稀硝酸清洗；
9.氣泡會致使壓力不穩，重現性差，所以在使用過程中要盡量避免產生氣泡。
10.如果進液管內不進液體時，要使用注射器吸液：通常在輸液前要進行流動相的清洗。
11.要注意柱子的pH值范圍，不得注射強酸強堿的樣品，特別是堿性樣品。
